Немало преступлений, в которых обвиняют коммунистов во время гражданской войны 1918-1922 гг., совершили отряды ВЧК или продармия. И в истории Красной армии есть также черных страниц.
Летом 1918 года в Ярославле стартовало белогвардейское восстание, которое возглавил эсер Борис Савинков. Мятежники захватили оружейные склады и центр города. Их поддержало немало гражданских добровольцев. Большевики смогли собрать силы для противостояния мятежу. Тогда в Красной армии было много иностранных наёмников.
Во время атаки на Ярославль участвовали 3 полка латышей, вместе с венгерским и варшавским соединениями. Большевики обстреливали город из артиллерии и бомбили с аэропланов. Все сдавшиеся повстанцы были расстреляны по указанию Троцкого. Все подозрительные граждане было помещены в концлагеря. Из-за боёв в руинах оказалось 80% зданий. Очередным крупным восстанием был мятеж оружейных рабочих в Ижевске и Воткинске.
В конце лета 1918 года рабочие Ижевска отказались идти на фронт. Мятежники в середине августа свергнуть в городе советскую власть. Далее они захватили город Сарапул, где был расположен штаб 2-й красной армии. Уже в сентябре 1918 года части красной армии начали наступление под командованием Владимира Азиньша. После того, как большевики смогли захватить Ижевск и Воткинск они начали массовые казни. Красный террор производили соединения ВЧК.
Город Астрахань в 1919 году превратился в прифронтовой. Сильно ухудшилось положение граждан. Рабочие ряда заводов решил провести митинг. По ним была открыта стрельба из пулемётов. Затем были массовые расстрелы. Общее число жертв может составлять от 200 до 4 тыс. людей.
Во время мятежа крестьян под командованием Александра Антонова летом 1921 года, советский командир Михаил Тухачевский дал право красным офицерам казнить без суда подозрительных лиц, сжигать их дома и т.д. Практиковались и массовые казни заложников, если крестьяне не выдавали красным «бандитов».
Взятие в заложники было и во время подавления восстания крестьян в Западной Сибири в 1921-1922 гг. Число жертв может идти на десятки тысяч. Когда был подавлен Кронштадский мятеж, было казнено не менее 2 тыс. людей. Такие операции выполняли регулярные соединения Красной армии.