МГУ запустил единственный в мире электронный депозитарий живых систем данных об образцах из биологических коллекций университета и его партнеров для объединения в информационном поле всех российских биоколлекций. Система создана в рамках проекта «Ноев ковчег». Ведется работа по созданию геномного браузера, сообщает пресс-служба МГУ.
Сейчас в системе около 510 тыс. образцов, 500 тыс. из которых — гербарные образцы, около 10 тыс. — микроорганизмы. Запущенный депозитарий уникален. «Аналогов подобной информационной системы, позволяющей оперировать информацией о биологических образцах самой разной природы, а также управлять хранилищами биоматериала, в мире не существует», — подчеркивают в пресс-службе МГУ.
«Сейчас в системе находится 19 коллекций, процесс инвентаризации, оцифровки и загрузки данных продолжается. Физически коллекции Депозитария МГУ располагаются в тех лабораториях, в которых с ними работают», — пояснил научный координатор проекта «Ноев ковчег», ведущий научный сотрудник биологического факультета МГУ Петр Каменский.
«Если взять биологический факультет, то там находится как минимум сто коллекций. Раньше владельцы коллекций друг про друга знали мало, и, соответственно, пользоваться коллекциями могли только те люди, которые непосредственно с ними работали. С вводом в действие нашей информационной системы ситуация кардинально поменялась», — отметил он.
Система позволяет загружать данные из таких авторитетных международных баз данных как Catalog of Life, NCBI GenBank и другие. Таким образом, паспорт образца может содержать самую разнообразную информацию, вплоть до последовательности генома организма.
«Встроенный в систему геномный браузер находится в разработке. У нас есть с десяток геномов образцов, чьи геномы были секвенированы нами в рамках проекта «Ноев ковчег», для других образцов требуется разрабатывать выход к внешним базам данных — задачу определять все геномы самостоятельно мы перед собой не ставим. Да это и невозможно: слишком много в наших коллекциях образцов, чтобы даже мечтать об их тотальном секвенировании. Так что интегрироваться с существующими базами данных — это единственное возможное решение», — рассказал Каменский.
Создание информационной системы Депозитария МГУ проходит в рамках гранта Российского научного фонда.
Ранее ученые МГУ создали одну из крупнейших в мире коллекций отсканированных изображений гербариев. Она насчитывает 786 тысяч образцов и занимает первое место в мире по числу отсканированных образцов среди университетских коллекций, а целом в мире уступает лишь коллекциям крупнейших научных центров мира — Парижа, Лейдена, Пекина, Нью-Йорка и Вашингтона.
